Am 8. November 1620 nach zwei Jahren politischen und militärischen Ringens stießen die Ständetruppen kurz nach Mittag auf dem weißen Berg mit der kaiserlichen Armee unter Prinz Maximilian von Bayern zusammen. Der Kampf dauerte nur kurz und die Verluste waren verhältnismäßig gering, aber er hatte weitreichende Folgen für die weitere Entwicklung Tschechiens und ganz Europas. In den Monaten nach der Schlacht feiert das gesamte katholische Europa diesen überraschenden Sieg, der protestantische Teil die Niederlage überwindet, seine Kräfte mobilisiert und ein schrecklicher Dreißigjähriger Krieg beginnt. Ein Krieg mit großen finanziellen und sozialen Folgen, dessen Wahrnehmung und Interpretation sich in den folgenden Jahrhunderten je nach Zeit und sozialen oder politischen Tendenzen änderte.

1622 rief Erzbischof Johannes Lohelius zu einer Sammlung für den Bau einer Kirche auf und 1624 leitete er zum Jahrestag der Schlacht die erste Prozession. Die Menschen aus der Umgebung begannen, zu der Kapelle, welche zu Ehren der Jungfrau Maria auf dem Weißen Berg erbaut worden war, zu pilgern. Während des Dreißigjährigen Krieges (1618 -1648) beschädigten schwedische Soldaten die Kapelle und schließlich wurde diese in ein Beinhaus umgewandelt. Die Prozessionen wurden in die Kirche der Karmeliten „Maria de Victoria“ auf der Kleinseite, jetzt bekannt als Kirche des "Prager Jesuleins", verlegt. In dieser Zeit nahm sich der bayerische Maurer Michael Hagen der beschädigten Kapelle an und ließ sie auf eigene Kosten reparieren. Doch Christian Luna und die Weißenberger Bruderschaft hatten größere Pläne für die Kapelle. Ein Presbyterium wird hinzugefügt und die Kapelle wird am 8. August 1706 der Jungfrau Maria von Siege geweiht. Für den Hauptaltar entstand 1708 eine Kopie des wundertätigen Gemäldes. Als nächstes wurden eine Sakristei mit einem Glockenturm und die zwei Seitenkapellen errichtet, die der Kirche den Grundriss eines Kreuzes verleihen. Während des Baus treten Komplikationen auf und es wird der berühmte Baumeister Johannes Blasius Santini zur Hilfe gerufen. Im Jahre 1714 erfolgt der Abriss der ursprünglichen Kuppel, um eine neue höhere zentrale Kuppel zu bauen. Die Handschrift des genialen Baumeisters zeigt sich auch in den Eckkapellen. Das Fresko der Hauptkuppel wird vom berühmten Kosmas Damian Asam übernommen.
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Seit dem Bau des barocken Wallfahrtsortes in den Jahren 1704-1735 gab es keine größeren baulichen Veränderungen. Der Wallfahrtsort wurde bei seiner Wiedereröffnung im Jahr 1811 vollständig restauriert und die fehlenden Skulpturen ergänzt. In den folgenden Jahren waren weitere Reparaturen notwendig, wie historische Dokumente belegen, die 2017 in der Kugel des Kreuzes auf der Hauptkuppel der Kirche gefunden wurden. Mehrere unsachgemäße Restaurierungsmaßnahmen Ende des 19. und Anfang des 20. Jahrhunderts trugen nicht zum Erhalt der Fresken in ihrer ursprünglichen Form bei.

Nach dem Zweiten Weltkrieg waren der Wallfahrtsort und vor allem seine Dächer baufällig. Dank des langjährigen geistlichen Verwalters Prof. Václav Bogner erfolgte teilweise in Eigenleistung die Sanierung der Dächer. In den 1970er und 1980er Jahren fand eine Neugestaltung des gesamten Innenhofes statt. In den 1970er und 1980er Jahren wurde der gesamte Innenhof neugestaltet. Dabei trug Prof. Mojmír Horyna wesentlich zur Erhaltung des Denkmals in seiner historischen Form bei.

Zwischen 2006 und 2013 wurden das ehemalige Pfarrhaus und die angrenzenden Gebäude renoviert und für das Leben der Klostergemeinschaft – der Abtei Venio – angepasst. Ein neues niedriges Gebäude wurde im Klostergarten erbaut, in dem auch Schwestern wohnen können. In den Jahren 2015 bis 2020 wurden die Wallfahrtskirche und der Innenhof komplett erneuert, einschließlich der Vorgärten vor dem Eingang zum Wallfahrtsort.

2018 wurde das Wallfahrtsareal zum Nationalen Kulturdenkmal erklärt.
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